合作公司否认借款事实，我该如何通过法律手段追回资金？

您可以提供借款协议、转账记录、往来函件等，向法院起诉要求对方公司履行还款义务。

建议在起诉前与对方公司进行书面沟通，明确借款事实，并由律师协助准备相关法律文件。