宅基地上建房被认定为违建，但已居住多年，能申请保留吗？

居住多年并不自动使违建合法化，但可作为减轻处罚的参考因素。具体是否保留需由相关部门依法评估。

建议尽快联系律师，准备相关居住证据和建设背景材料，申请行政复议或提起诉讼。