公司以严重违纪辞退我，仲裁时又说我不胜任工作，这种辞退合法吗？

这种情况是不合法的。公司作出辞退解除劳动合同的决定时，就必须明确告知劳动者辞退的真实理由，仲裁阶段临时更换理由本质是事后补正，法律不支持这种事后补正的效力，不会以新理由认定辞退合法。

你可以整理好当初公司告知你辞退理由的证据，比如离职面谈录音、书面辞退通知、和HR的沟通记录，提交给仲裁委，主张公司变更后的辞退理由无效，要求认定辞退违法并主张违法解除赔偿金。