合作开发的软件被对方单方面注册为商标，怎么办？

如果合作开发协议中未明确商标归属，对方单方面注册可能构成违约。您可以依据协议约定或相关法律规定，主张商标权的共有或撤销对方的不当注册。

建议先与对方协商解决，若协商失败，可向商标评审委员会提出异议，同时准备合作协议、开发记录等证据，委托律师提起商标权纠纷诉讼。