公司发现合作方在未经授权的情况下使用了我们的商标，该怎么办？

未经授权使用商标属于侵权行为，公司可以向商标局投诉或向法院提起诉讼，要求停止使用并赔偿损失。

建议先通过律师函警告对方，保留证据，并考虑申请商标维权的行政或司法程序。