建设工程合同明确约定移交完整工程档案才能结算，资料不全发包人拒绝结算合法吗？

这种约定是双方真实意思表示，内容没有违反法律法规的强制性规定，属于合法有效的约定，对双方都有约束力，发包人按照合同约定拒绝办理结算，一般会被认定为合法。

承包人如果确实无法一次性移交完整档案，可以主动和发包人沟通，针对缺失资料提供替代材料或者明确补正期限，也可以同意发包人暂扣一定比例的工程款作为档案补正保证金，争取先行启动结算流程。