工程档案资料移交不全，发包人在结算时扣除部分工程款合法吗？

如果档案缺失确实导致发包人产生了额外的补办费用、管理成本，或者合同明确约定了资料不全的扣款规则，发包人扣除合理范围内的工程款是合法的；但如果发包人没有合理依据，仅因少量非核心资料缺失就扣除大额工程款，超出合理范围的部分不合法。

如果双方对扣款金额有争议，可以先针对缺失资料需要产生的成本共同核算，协商确定合理扣款金额，无法协商一致的，可以共同委托第三方机构评估，也可以通过诉讼或仲裁由裁判机构认定合理金额。