公司部门解散后整体结业，孕妇的赔偿和普通员工有区别吗？

这种情况属于公司整体终止经营，依旧是法定的劳动合同终止情形，按照劳动法律规定，经济补偿的计算规则不会因为员工怀孕就改变，法定赔偿标准层面没有区别，不存在强制差异化赔偿的要求。

建议你先整理好劳动合同、工资流水、孕检证明等材料，和公司沟通的时候明确提出你对社保、生育津贴的需求，多数公司会考虑女职工的特殊情况给予一定额外补助，协商不成可以向单位所在地劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。