员工在加盟门店工作，但合同是与总部签的，工资由谁支付？

员工的工资支付责任通常由签订劳动合同的一方承担。若合同由总部签订，工资应由总部支付，除非另有明确约定。

建议员工与总部沟通工资支付问题，必要时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身权益。