合作开发的软件被对方私自修改并用于商业用途，我该怎么办？

如果你们之间有明确的合作开发协议，对方擅自修改并商用可能构成违约。你可以依据协议内容追究其责任。

建议你尽快联系律师，审查合同条款，并通过法律手段要求对方停止侵权行为并赔偿损失。