加盟商擅自复制特许经营中的商业秘密，总部应如何应对？

总部可以通过法律途径要求加盟商停止侵权行为，并赔偿相关损失，同时可向行业主管部门举报其违规行为。

建议在特许经营协议中明确禁止复制商业秘密，并定期对加盟商进行合规培训，加强内部监管和审计。