公司委托我开发软件，但后来声称软件是他们员工写的，我该如何应对？

你可以通过提交开发过程中的证据，如代码、设计文档和沟通记录，来证明软件的归属。

建议尽快进行著作权登记，并在必要时寻求专业律师的帮助，以维护你的合法权益。